Primeramente, antes de que se fundara Los Villares y la conozcamos tal y como es hoy en día, hubo indicios de civilización prehistórica, prueba de ello son las diversas pinturas rupestres situadas en las paredes de la zona de Los Cañones, zona limítrofe con el término de Jaén. También hay indicios de pueblos íberos, árabes y restos de civilización romana, prueba de ello es la cantidad de tesoros, monedas, joyas, piezas, utensilios y demás encontrados a lo largo de todo el término, (desde las faldas de La Pandera hasta el Cerro del Viento, pasando por cuevas como la del Contadero). Gran parte de estos tesoros, piezas, útiles y demás se encuentran actualmente en el Museo Arqueológico de Jaén. Estas poblaciones que florecieron y vivieron en Los Villares desaparecieron con el paso del tiempo, debido a continuos saqueos de bandidos y soldados desertores procedentes del Reino nazarí de Granada. Estos motivos propiciaron que el municipio se despoblara nuevamente, quedando así sin vida.
Más tarde, entre las últimas décadas de la Edad Media y poco antes de su fundación en 1508, el municipio estaba formado por un conjunto de pequeños cortijos y casas diseminadas, en las que vivían mayoritariamente campesinos humildes dedicados al cultivo y labranza de los fértiles campos del municipio, regados por el río Eliche y el río Frío, así como a la cría del ganado también para sus respectivos señores de la capital, Jaén.
Tras la caída del Reino nazarí de Granada y su respectiva toma por parte de los Reyes Católicos en el 1492, se llevaron a cabo una serie de políticas para establecer el orden en las zonas fronterizas con dicho reino, por lo que Juana I de Castilla, hija de los Reyes Católicos, llevó a cabo dicha política creando así poblaciones y repoblando dichas zonas fronterizas del Concejo de Jaén, así es como Los Villares fue fundado el 17 de marzo de 1508, por real orden de Doña Juana I de Castilla. Las intenciones de dicha fundación eran bastante claras: colonizar y repoblar los terrenos baldíos y olvidados de la Sierra Sur de Jaén, ya que este territorio era fronterizo con el Reino nazarí de Granada, por lo que la población no se asentaba en estas zonas, ya que tenían miedo a ser atacados por el enemigo o a ser saqueados y destruidos por bandidos o por los moros. Los Villares, antes de su fundación se componía de dos núcleos: Villar Alto y Villar Bajo, que al unificarse quedaron nombrados como “Villa enmedio”. Poco más tarde, tras la fundación del municipio, Los Villares pasó a llamarse Los Villares de Arenas, debido a las numerosas canteras de arena que poseía y por ser camino directo hacia Granada.
El municipio, nada más su fundación, tenía previsto contar con una población de 300 habitantes, pero en el 1591 la población era de un total de 210 personas aproximadamente. Los primeros pobladores de Los Villares fueron campesinos procedentes de Jaén capital y de municipios cercanos como Torredonjimeno, además de soldados pertenecientes a la guardia real de Carlos I. A lo largo de los siglos, la población de Los Villares ha crecido considerablemente, debido a sus abundantes recursos agrícolas, ganaderos, forestales, minerales… etc, además de por su cercanía a la capital. Actualmente Los Villares cuenta con una población de 6.000 personas.
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